Undang-undang perpajakan di Indonesia saat ini menganut self assessment system yaitu sistem di mana Wajib Pajak diberi kepercayaan oleh undang-undang untuk menghitung, menyetor, dan melaporkan sendiri jumlah pajak terutang sesuai dengan peraturan perundang-undangan perpajakan yang berlaku. Dalam pelaksanaannya sistem pemungutan pajak dengan self assessment system ini mengandung banyak kelemahan, salah satunya sistem ini sering digunakan oleh Wajib Pajak untuk melakukan berbagai kelalaian, baik yang disengaja maupun yang
tidak disengaja.

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui seberapa besar "Pengaruh Pelaksanaan Pemeriksaan Pajak Terhadap Tingkat Kepatuhan Wajib Pajak Badan". Pengumpulan data dilakukan melalui penyebaran angket yang telah diuji validitas dan reliabilitasnya. Penelitian ini dilakukan pada Kantor Pelayanan Pajak Madya Jakarta Pusat. Populasi dalam penelitian ini adalah pemeriksa pajak. Pengambilan sampel pada penelitian ini menggunakan simple random sampling yang berukuran 11 orang responden.

Metode penelitian yang digunakan adalah metode survey dengan metode analisis data yang digunakan adalah metode analisis deskriptif asosiatif karena adanya variabel yang akan dijelaskan dan ditelaah seberapa besar pengaruh dari varibel yang diteliti. Analisis data menggunakan statistika parametrik dengan bantuan software SPSS (Statistical Product and Service Solution) 20.0 for windows. Hasil penghitungan koefisien korelasi variabel pelaksanaan pemeriksaan pajak dengan variabel tingkat kepatuhan Wajib Pajak badan sebesar 0,629 yang menunjukkan bahwa hubungan kedua variabel "Cukup Kuat". Hasil penghitungan persamaan Regresi Linier Sederhana dapat diinterpretasikan bahwa nilai koefisien regresi adalah positif, artinya bahwa hubungan kedua variabel bersifat searah. Hasil uji hipotesis menunjukkan thitung > ttabel (3.863 > 2,042) yang berarti Ho ditolak Ha diterima yang dapat disimpulkan bahwa pelaksanaan pemeriksaan pajak berpengaruh terhadap tingkat kepatuhan Wajib Pajak badan. Selanjutnya dari hasil koefisien determinasi menunjukkan bahwa tingkat kepatuhan Wajib Pajak badan dipengaruhi pelaksanaan pemeriksaan pajak sebesar 69,1% dan sisanya 30,9% dipengaruhi oleh faktor lain.