Salah satu pembenahan sistem administrasi pajak adalah Pajak Pertambahan Nilai (PPN), dimana Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mengganti faktur pajak manual dengan e-faktur, untuk menciptakan kenyamanan dan kemudahan dalam urusan perpajakan bagi Pengusaha Kena Pajak (PKP), yang diharapkan juga dapat berpengaruh pada kepatuhan Wajib Pajak dalam melaporkan SPT Tahunan Masa PPN. E-Faktur versi 3.2 merupakan salah satu upaya penyempurnaan sistem administrasi perpajakan.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penerapan sistem e-Faktur 3.2 dalam pelaporan SPT masa PPN dan penetapan pelaporan SPT masa PPN sebelum dan sesudah penerapan sistem e-Faktur 3.2 pada PT Prospek Utama Mandiri.. Teknik Analisis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah analisis deskriptif yaitu menganalisis, menggambarkan dan meringkas berbagai kondisi situasi dari berbagai data yang dikumpulkan berupa hasil wawancara atau pengamatan mengenai masalah yang diteliti yang terjadi dilapangan.
Penerapan Aplikasi E-faktur 3.2 dalam pembuatan faktur pajak PT Prospek Utama Mandiri telah sesuai dengan peraturan dan undang - undang perpajakan yang berlaku dimana pertanggal 01 April tarif PPN yang semula 10% menjadi 11%. Penerapan Web.E-faktur dalam Pelaporan SPT Masa PPN PT Prospek Utama Mandiri, lebih efektif jika dibandingkan dengan system yang sebelumnya dimana pelaporan SPT Masa PPN sebelumnya dilakukan di laman DJP online dengan ketentuan mengupload CSV terlebih dahulu, dan untuk pelaporan yang sekarang melalui lama Web.E-faktur tanpa adanya mengupload CVS. Dalam pelaporan SPT Masa PPN Perusahaan PT Prospek Utama Mandiri masih ditemukan adanya keterlambatan dalam pelaporannya. Maka pelaporan SPT Masa PPN belum sepenuhnya sesuai dengan ketentuan Pasal 2 PMK 242/PMK.03/2014.