Sistem pakar merupakan suatu aplikasi komputer yang ditunjukan untuk membantu pengambilan keputusan dalam bidang yang spesifik, dengan menggunakan Penerapan Metode Certaity Factor dalam mendiagnosa salah satu organ terpenting dalam tubuh manusia yaitu Gigi. Kesehatan gigi merupakan bagian penting dalam kesehatan tubuh yang tidak bisa dianggap remeh, salah satu faktor yang berpengaruh terhadap kesehatan gigi ialah faktor kebersihan. Berdasarkan hasil wawancara dengan dokter gigi di Klinik Family diketahui bahwa tidak setaranya kemampuan atau pengetahuan dokter gigi khususnya dokter muda menyebabkan munculnya keraguan dalam menentukan hasil keputusan diagnosa, sehingga terkadang memerlukan adanya saran dari dokter yang lebih ahli. Oleh karena itu, dibutuhkan adanya sistem yang dapat membantu dokter gigi dalam merekomendasikan diagnosa berdasarkan gejala yang dialami pasien. Penerapan Metode Certainty Factor telah mampu melakukan proses diagnosa penyakit Gigi yang cukup dipercayai oleh Pasien dengan didukung oleh nilai kepercayaan/ Certainty factor yang dihasilkan yaitu 0,82 berdasarkan hasil pengujian sistem yang telah dilakukan dan hasil perbandingan uji manual dengan hasil perhitugan pada Aplikasi diperoleh hasil nilai yang sama, sehingga sistem dinyatakan valid.